أدى الفريق محمد أحمد زكي، اليمين الدستورية وزيرًا للدفاع، وذلك ضمن التشكيل الوزاري المصري الجديد برئاسة المهندس مصطفى مدبولي.
والفريق محمد زكي شغل منصب قائد وحدات المظلات، انتدب للعمل كقائد لوحدات الحرس الجمهورى فى عصر الرئيس المعزول محمد مرسي، وتولي منصبه كقائد لقوات الحرس الجمهوري في 8 أغسطس 2012، وكان له دوره البارز في حماية إرادة المصريين فى 30 يونيو من العام 2013 حيث تولى حماية كافة القصور الرئاسية، ومراكز القيادة، وقال جملته الشهيرة عندما دخل على الرئيس المعزول محمد مرسي ورفاقه من قادة جماعة الإخوان في قصر الرئاسة يوم 3 يوليو قائلاً لهم «جئت أُنفذ إرادة الشعب الذي جاء بكم.. أنتم معتقلون»، كما كان شاهدا رئيسيا بحكم منصبه فى قضية التخابر المتهم بها الرئيس المعزول وآخرون، تم ترقيته فى يناير 2017 لرتبة فريق.
تحفظ اللواء محمد أحمد زكي على الرئيس المعزول وكانت شهادته فيما بعد أمام النيابة لها دور كبير في توجيه الاتهام لمرسي في قضية قتل المتظاهرين، حيث أكد أن قوات الحرس الجمهوري رفضت تنفيذ أوامره بقتل المتظاهرين، وقال: «لن نعتدي على أبناء الشعب ولا نتوقع أن يعتدي المصريون على الحرس الجمهوري».
وفي شهادته أمام المحكمة في قضيتي قتل المتظاهرين والتخابر أكد الفريق محمد أحمد زكي أن مرسي أمره مرتين بإطلاق النار على المتظاهرين وفضّ الاعتصام أمام الاتحادية، مضيفاً أنه في حوالي الساعة الثانية فجر يوم 5 ديسمبر2012 تلقى اتصالاً هاتفياً من مرسي يأمره بفض الاعتصام خلال ساعة واحدة بالقوة، فرفض تنفيذ الأمر ثم حاول الاتصال بمرسي بعد ذلك؛ فلم يتمكن فاتصل بأسعد الشيخة نائب رئيس ديوان رئيس الجمهورية، وطلب منه مهلة 24 ساعة لفض الاعتصام من دون عنف فأخبره الأخير بأنه اتصل بمرسي، الذي أصدر أوامره بعدم وجود أي من المعتصمين عند حضوره صباحاً؛ وفي صباح اليوم التالي كان معظم المعتصمين قد انصرفوا عدا مجموعة قليلة نصبوا 15 خيمة فحضر إليه الشيخة وطلب منه إخلاء المعتصمين فرفض فقرر الشيخة أن يكلف جماعته بالفض عصرا.
وذكر قائد الحرس أن مرسي وجه إليه أمراً صريحاً بصفته رئيس الجمهورية بقتل من يتجرأ على اقتحام قصر الرئاسة، وأكد أن هناك اتفاقاً بين محمد مرسي وجماعته على قيام أنصارهم بالتعدي على المعتصمين وفضّ اعتصامهم بالقوة؛ وكان تنفيذ ذلك الاتفاق بإشراف الشيخة الذي كان متواجداً بين أنصار محمد مرسي أثناء فض الاعتصام.
وفي قضية التخابر استمعت المحكمة لشهادة اللواء محمد زكي قائد الحرس الجمهوري والذي شرح الاختصاصات الوظيفية لمهام عمله، وقال إن التقارير التي ترد لقيادة الحرس الجمهوري تسجل في أرشيف الحرس ويتم استلامها بواسطته، ويتولى عرضها مباشرة على رئيس الجمهورية، مؤكداً أن جميع هذه الوثائق تسجل في دفتر واحد بدرجة سريتها.
وقال إن لديه بياناً بجميع الوثائق التي عرضت على محمد مرسي إبان رئاسته للبلاد منذ 30 يونيو2012 ، والتي تزيد على 100 وثيقة وبيان الوثائق التي عرضت بمعرفة قائد الحرس الجمهوري السابق، ولم يتم استعادتها من الرئيس المعزول.
وخلال الجلسة قدم اللواء محمد زكي صورة ضوئية من خطاب صادر من رئاسة الجمهورية في 16 يوليو 2012 ومزيل بتوقيع المتهم أحمد عبدالعاطي وموجه إلى اللواء مراد موافي رئيس المخابرات العامة في ذلك التوقيت واللواء مجدي عبدالغفار رئيس جهاز الأمن الوطني آنذاك (وزير الداخلية في حكومة شريف اسماعيل).
وتضمن التنبيه على إرسال التقارير الخاصة وتقارير الحالة الأمنية اليومية داخل مظروف مغلق ومختوم من الخارج بدرجة سري للغاية باسم مدير مكتب رئيس الجمهورية، وهو المتهم أحمد عبد العاطي، ولا يفتح إلا بمعرفته، كما قدم بياناً بالوثائق التي تم تسليمها لرئاسة الجمهورية للعرض على محمد مرسي، وذلك عبر قائد الحرس الجمهوري السابق ولم يتم استعادتها تضمنت 16 وثيقة منها تشكيل القوات البرية المصرية والسياج الأمني المقرر إنشاؤه على الحدود مع إحدى الدول والحجم العام للقوات ومراكز القيادة والسيطرة وتطورات الأوضاع على الحدود المصرية وغيرها.
