وكانت نيابة أمن الدولة العليا بإشراف المستشار خالد ضياء المحامي العام الأول للنيابة، أحالت المتهمين الـ6 محبوسين احتياطيًا على ذمة القضية.
وأسندت النيابة في تحقيقاتها إلى المتهمين الستة، ارتكابهم عددًا من الجرائم في مقدمتها تأسيس والانضمام إلى جماعة إرهابية أُنشئت على خلاف أحكام القانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي.
و أسندت النيابة إلى المتهمين اعتناق أفكار تكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه وتغيير نظام الحكم بالقوة والاعتداء على أفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآتهما، واستباحة دمائهم ودماء المواطنين المسيحيين ودور عبادتهم واستحلال أموالهم وممتلكاتهم وتنفيذ عمليات عدائية ضدهم بهدف الإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه للخطر، وكان الإرهاب من الوسائل التي تستخدمها هذه الجماعة في تنفيذ أغراضها.
وتضمنت قائمة الاتهامات قيام المتهمين بتمويل الخلية الإرهابية التي قاموا بتأسيسها بالأموال والمواد المفرقعة وارتكابهم لجرائم إرهابية تقوم على استهداف الكنائس والمواطنين المسيحيين.
وكانت نيابة أمن الدولة العليا، باشرت التحقيقات في القضية، في ضوء ما كشفت عنه تحريات قطاع الأمن الوطني بوزارة الداخلية، والذي تمكن من تحديد أعضاء التنظيم وأغراضه والقبض عليهم نفاذا للإذن الصادر بهذا الشأن من النيابة، وذلك قبل استهدافهم كنيسة السيدة العذراء للأقباط الأرثوذكس بمدينة المحلة بمحافظة الغربية قبيل احتفالات أعياد الميلاد لعام 2017، حيث رصدوا الكنيسة تمهيدا لاستهدافها.