يعتبر السبب في ملوحة مياه البحار، إلى وجود كلوريد الصوديوم الموجود في المياه، حيث يذوب بنسبة عالية جدًا في الماء وبكميّات كبيرة، إنّ الكرة الأرضيّة، وخاصّة قشرتها، كانت تحوي منذ تكوينها قديمًا، على الكثير من العناصر الكيميائيّة، التي كانت مرتّبة حسب كثافتها، وهذه العناصر كانت مكّونة من مركّبات، خضعت لتفاعلات كيميائيّة
يرجع أغلب العلماء إلى أنّه وبسبب هطول الأمطار في العصر الأولى لتشكيل الأرض، فقد حدث أن تكثّفت المياه، وبذلك قد ذابت الكثير من العناصر من القشرة الأرضيّة القابلة لأن تذوب في الماء، وبسبب وفرتها وغناها في القشرة، وأيضًا بسبب قابليتها على الانحلال في الماء، حيث كان من بين هذه العناصر الـ CLAN، وبذلك أدّى هذا إلى ملوحة مياه الأبار، إنّ نسبة الملح تتفاوت بين بحر وآخر، وبين بحر ومحيط، بحيث يرجّح وجود الملح في المحيط على شكل كتل متجمّعة في قاعه.
يرى العلماء بأنّ مياه البحار كانت مياهًا عذبةً، وذلك منذ ملايين السينين، إلاّ أنّ الأنهار أدّت إلى ملوحة البحار حيث تصبّ فيها، حيث تجمع هذه الأنهار أثناء جريانها لتصب في البحار، بعض الرواسب، وأيضًا المعادن، وبكميّات كبيرة جدًا، ويكون من بينها الملح، وبذلك يرون بأنّ الملوحة هي حالة طارئة على البحار وليس أصيلة، كونه لا يدخل في تركيب المياه الكيميائي، ويرى العلماء بأنّ الملح الذي يترّسب في البحر، بمرور الوقت والسنين، فتزداد نسبة الملوحة في البحر نتيجة ازدياد التسربات.
